Οι Ανωμαλίες είναι μυστηριώδη, υπερφυσικά συμβάντα που εμφανίζονται σε διάφορα σημεία στο νησί.

Οι παίκτες μπορούν να βρουν τις ανωμαλίες εξερευνώντας το νησί και συντονίζοντας το ραδιόφωνο σε συγκεκριμένες συχνότητες. Όταν το ραδιόφωνο συντονιστεί σωστά, αποκαλύπτει παράξενους ήχους ή μηνύματα που υποδεικνύουν την ύπαρξη ανωμαλίας. 

Δεν είναι απαραίτητο να συλλέξετε τις ανωμαλίες, αλλά θα ανταμειφθείτε αν το κάνετε. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ενδέχεται να επηρεάσουν ελαφρώς το τέλος του παιχνιδιού, ανάλογα με τον αριθμό που έχετε ανακαλύψει.