Las Anomalías son sucesos misteriosos y sobrenaturales que se producen por toda la isla.
Los jugadores pueden encontrar anomalías mediante la exploración de la isla y usando la radio para sintonizar frecuencias específicas. Cuando la radio está bien sintonizada, se escuchan sonidos extraños o mensajes que indican la presencia de una anomalía.
Recoger anomalías es opcional, pero tiene su recompensa. En algunos casos, también pueden tener efectos sutiles en el final del juego, dependiendo de cuántas se descubran.