Dans Secrets By Episode, vos choix affectent l'issue de l'histoire. En fonction de vos choix, vous aurez droit à des interactions et des rebondissements différents, et même à plusieurs fins. Toutes vos décisions auront des conséquences différentes et vous donneront accès à des scènes uniques. N'hésitez pas à rejouer des histoires en faisant de nouveaux choix pour débloquer des interactions uniques et des fins alternatives.