Anomali adalah kejadian misterius dan supernatural yang tersebar di seluruh pulau.

Pemain dapat menemukan anomali dengan menjelajahi pulau dan menggunakan radio untuk menyetel frekuensi tertentu. Bila radio disetel dengan benar, ia akan menampilkan suara atau pesan aneh yang menunjukkan adanya anomali. 

Mengumpulkan anomali bersifat opsional tetapi bermanfaat. Dalam beberapa kasus, anomali mungkin juga memiliki efek halus untuk akhir game, tergantung jumlah yang ditemukan.