「ソニックマニア・プラス」では、ソニック・ザ・ヘッジホッグ、マイルス・“テイルス”・パウアー、ナックルズ・ザ・エキドゥナの3キャラクターを使用できます。各キャラクターの移動方法と戦闘方法は基本的に同じですが、それぞれ個性的な特殊能力も持っています。ソニックはその持ち前の素早さでジャンプの着地後にハイパワーロールを繰り出せます。テイルスは他のどのキャラクターよりも速く飛んだり泳いだりでき、ナックルズは滑空や壁登りができます。

「Plus」版では、2体の新キャラクター「マイティー・ザ・アルマジロ」と「レイ・ザ・フライングスクイレル」が追加されました。ご存知ない方のために説明すると、マイティーとレイはアーケードゲーム『セガソニック・ザ・ヘッジホッグ』で初登場したキャラクターで、後にスーパー32X用ゲーム「カオティクス」にも登場しました。マイティーには、地面に急降下する「ハンマードロップ」とトゲのトラップの上を転がれる特殊能力があります。レイは、高度な飛行能力を持っており、長時間空を飛ぶことができます。