Anomali ialah kejadian misteri dan ghaib yang tersebar di seluruh pulau.

Pemain boleh mencari anomali dengan meneroka pulau dan menggunakan radio untuk menala frekuensi tertentu. Apabila radio ditala dengan betul, ia mendedahkan bunyi atau mesej aneh yang menunjukkan kehadiran anomali. 

Mengumpul anomali adalah pilihan tetapi memberikan ganjaran. Dalam sesetengah kes, ia juga mungkin mempunyai kesan halus pada pengakhiran permainan, bergantung pada bilangan yang ditemukan.