Anomalie to tajemnicze zjawiska nadprzyrodzone, które występują na wyspie.

Gracze mogą znaleźć anomalie, badając wyspę i używając radia do dostrajania określonych częstotliwości. Gdy radio jest ustawione na prawidłową częstotliwość, emituje dziwne dźwięki lub komunikaty, które wskazują na występowanie anomalii. 

Odkrywanie anomalii jest opcjonalne, lecz przynosi korzyści. W niektórych przypadkach anomalie mogę mieć delikatny wpływ na zakończenie gry — w zależności od tego, ile z nich zostanie odkrytych.