Anomalias são fenômenos sobrenaturais misteriosos espalhados pela ilha.

Os jogadores podem encontrá-las ao explorar a ilha e usar o rádio para sintonizar frequências específicas. Quando o rádio é sintonizado corretamente, sons ou mensagens estranhas são revelados e indicam a presença de uma Anomalia. 

Coletar Anomalias é opcional, mas recompensador. Em alguns casos, elas também podem afetar de forma sutil o final do jogo, dependendo do número de Anomalias descobertas.