As anomalias são misteriosas ocorrências sobrenaturais espalhadas pela ilha.

Os jogadores podem encontrar anomalias explorando a ilha e utilizando o rádio para sintonizar frequências específicas. Quando é sintonizado corretamente, o rádio revela mensagens ou sons estranhos que indicam a presença de uma anomalia. 

Detetar anomalias é opcional mas gratificante. Em alguns casos, podem ter efeitos subtis no final do jogo, dependendo do número de anomalias descobertas.